La iglesia permanece cerrada habitualmente, pero la Oficina de Turismo de Laguardia organiza visitas guiadas para quienes quieran conocer el templo.

La iglesia de San Juan se construyó como templo-fortaleza.

En el mismo edificio se pueden apreciar diferentes estilos arquitectónicos. La portada sur, más conocida como la "de los abuelos", es románica y gótica. Fue la primera parte que se construyó (a finales del siglo XII o principios del XIII), y tiene una marcada influencia francesa, con columnas decoradas con motivos vegetales, animales y narraciones de la Biblia.

No obstante, la mayor parte de la iglesia fue erigida en los siglos XIII y XIV en estilo gótico. La planta es de cruz latina, con crucero y tres ábsides. La decoración de las naves se compone de arcos apuntados y bóvedas de sencilla crucería. En los muros se pueden observar también ventanales góticos y rosetones.

En el siglo XVI, se realizaron varias modificaciones, y el templó perdió su carácter de fortaleza. Por una parte, se le adosó la Capilla del Pilar, de estilo neoclásico, y, por otra, la torre, que hasta entonces era castillo medieval, pasó a ser campanario.

La antigua sacristía de la iglesia es actualmente en un museo que expone objetos litúrgicos.